某日一群使用風遁之術的空忍空襲火之國無數民眾和忍者遇害形勢危急據綱手大人所言這群不速之客正是在第二次忍者大戰中落敗的空之團如今他們懷著復仇之心再次出現卡卡西（井上和彥 配音）等人則負責偵查空之團的老巢鳴人（竹內順子 配音）、小櫻（中村千繪 配音）、雛田（水樹奈々 配音）受命組成三人醫療小隊協助名醫神農（石塚運昇 配音）前往其徒弟雨琉的家鄉醫治傷者另一方面病入膏肓的大蛇丸得知神農的再生之術業已完成他命佐助（杉山紀彰 配音）前去尋找神農這也促成佐助和昔日伙伴宿命的重逢…… 　　本片為《火影忍者》第五部劇場版動畫