2029年3月某日某國大使館遭到一群經大規模義體改造的武裝分子的入侵眾多外國使節及其同儕眷屬淪為人質事態十萬火急草薙素子（坂本真綾 配音）召集巴特（松田健一郎 配音）、陀古薩（新垣樽助 配音）等得力屬下并制定了周密的營救計劃誰知當一切都按部就班進行之時意外突然發生與此同時距離大使館不遠的一座摩天大樓內日本首相遭到密碼箱炸彈的暗殺素子之前的上司陸軍501機關的機關長庫露茲（淺野麻由美 飾）也在爆炸中喪生經過縝密追查素子等人發現一種能夠篡改記憶的病毒正在網絡蔓延而她的身世居然和一連串的事件有著密切聯系危機當前陰謀悄然復出水面…… 　　本片根據士郎正宗的同名原作改編系《攻殼機動隊》誕生25周年紀念作品