曾經來自海洋的神秘敵人“塞壬”向人類發起了猛烈的進攻“碧藍航線”的少女們憑借著她們鋼鐵般的意志與敵人奮勇作戰最終擊敗了對手守護了人類然而隨著時間的流逝碧藍航線內部因為理念的差異逐漸產生分化衍生出了名為“赤色中軸”大的對立陣營 　　被稱為“灰色的幽靈”的最強英雄企業（石川由依 配音）、每天都迷迷糊糊但關鍵時刻意外的頂用的拉菲（長繩麻理亞 配音）、雖然年紀不大但成熟體貼的大黃蜂（山本希望 配音）個性好強但心地善良的哈曼（伊藤明日香 配音）面對動蕩的時局當這些少女們再一次被推上戰場會發生怎樣的故事呢